Els òrgans de govern de la ACEA són:

Assemblea General

Està composta per tots els associats i és l'òrgan suprem de govern i representació de l'associació.

Junta Directiva

Està constituïda per un membre-representant de cadascuna de les Regions Sanitàries en què està dividit el mapa sanitari a Catalunya, amb excepció de la Regió Sanitària de Barcelona que comptarà amb dos representants del sector sanitari Barcelona Ciutat i un representant per cada sector sanitari:

• Alt Penedès, Garraf, Baix Llobregat i Barcelonès Sud
• Vallès Oriental i Vallès Occidental
• Maresme i Barcelonès Nord.

Per tant és una Junta Directiva plural que representa i dóna vot a cada territori de Catalunya.

Presidència

Exerceix l'alta representació, direcció i gestió de la ACEA.

Secretari General

Tresorer

Direcció Executiva